Генная инженерия и связанные вещи [Организационная тема]

[Вараэль ун Кайлин]

Иногда жалею, что не технарь
Насколько я понял, принцип работы состоит в поиске сходства и различий. В принципе, само это не ново, но довольно дорогостоящее удовольствие.

[Эрвина Гэйслер]

Вараэль ун Кайлин, есть множество методик, и иногда принципы отличаются в корне. Многое зависит от времени возникновения и технических возможностей на тот момент.
Shotgun sequencing - наглядный пример выхода из положения, когда секвенирование участков более 1000 нуклеотидов было осложненным.

[Вараэль ун Кайлин]

Эрвина Гэйслер, то есть, применяется аналогия, если совсем упрощать для нетехнаря вроде меня?Ну что поделать, не биолух я совсем и уж тем более не технарь.

[Эрвина Гэйслер]

Вараэль ун Кайлин, где именно? В "методе дробовика"? Там молекулу рвут на куски, а потом их по отдельности секвенируют, и где "совпадает" - там на бумаге и соединяют показания, чтобы получить цельную картину.
Грубо говоря - есть лента, прочитать, что на ней написано целиком, мы не можем. Делаем 10-20 копий, рвем на куски, начинаем переписывать на бумажку, где идут
перекрывающиеся совпадения - соединяем, получая исходный текст в читаемом виде.
Метод вообще древний, аж из начала 1980х годов, но мне нравится своей простотой и малой зависимостью от вычислительных мощностей. Но долгий.
Ну, это если очень приближенно, и не вдаваясь в методы копирования и прочего.

Вот из-за этого, я бы и не хотела вдаваться совсем в детали в статье, с одной стороны сохраняя ее "научность", но с другой - не перегружая информацией. По тому же "методу дробовика", который один из простейших, материала на диплом хватит и останется... Но это не к теме, так, крик души.

[Вараэль ун Кайлин]

Эрвина Гэйслер, ну да. Старый добрый дробовик)
Хм... Но насколько я понял из прочитанного, то с увеличением вычислительных мощностей скорость сего дедушки возросла, причём значительно и не ограничивается 1000 нуклеотидов
Ужас, запомнил новое ругательство)

Насчёт диплома прекрасно понимаю. Сам писал по истории средних веков диплом на крайне специфическую тему, инфы по которой отсюда и до обеда, но касающейся темы в общем, а не конкретно регионом.

[Эрвина Гэйслер]

Цитата: Вараэль ун Кайлин

с увеличением вычислительных мощностей скорость сего дедушки возросла, причём значительно и не ограничивается 1000 нуклеотидов

Но смысл? Есть более точные методы, позволяющие сразу секвенировать большие объемы. Illumina-SOLEXA - вообще наверное лучшее в цена/качество/производительность на сегодня.
Дробовик хорош как "лоу-тек" метод, и из-за сравнительно неплохой точности. Если есть финансы - он не оправдан.

[Вараэль ун Кайлин]

Эрвина Гэйслер, тогда вопрос - время, необходимое на более точные методы, возрастёт? Насколько я понимаю, то время может колебаться от нескольких недель до нескольких месяцев. И да - чем точнее метод, то тем он дороже? Увы, криминалистику проходил, но давно и неправда.